Sotto i nuovi educatori i Collegi prendono una fisionomia nuova, pur rimanendo sulle linee delle vecchie tradizioni: era lo spirito barnabitico più dolce e più insinuante che veniva a sostituirsi allo spirito piuttosto rigido e militaresco della precedente Compagnia di Gesù.
Sostanzialmente rimanevano sempre i Collegi più seri e più quotati della città. Questo secondo periodo è pieno di vicende tristi per il Collegio. Per ragioni di chiarezza si può dividere in cinque vicende.

LA FUSIONE (1773-1797)

I due Collegi, ormai da ventiquattro anni andavano a gonfie vele fra il fervore delle dispute scolastiche e le magnifiche esibizioni accademiche, quando Bologna è invasa dalle milizie napoleoniche. La mattina dell'11 Novembre 1797, dal Dipartimento Militare del Reno parte un ordine categorico che intima ai PP. Barnabiti di S. Lucia di fondere insieme i due Collegi ed in ventiquattr'ore di lasciar sgombro il locale del Collegio S. Francesco. Fu eseguito. Quei sacri locali profumati di dottrina e di pietà per due secoli circa, in pochi giorni divennero ambiente di caserma.

LA RIPRESA (1797-1816)

Immaginare il disastro dei Padri! Di tre Comunità ridursi ad una sola, voleva dire licenziare molti degli alunni per insufficienza di posto, creare dei disguidi negli orari, nelle funzioni, nella disciplina! Era stato veramente un fulmine a ciel sereno. I Padri si adattarono alla meglio. E, animati da buono spirito per l'educazione dei loro giovani, fecero in intensità quello che non potevano fare in estensione. In pochi anni il Collegio ritornò ad essere rigoglioso e fiorente di vita giovanile. Ma in quegli anni, nonostante ogni buona volontà e buon esempio, non si poteva stare tranquilli. C'era nell'aria un qualche cosa che faceva pensare ad una tempesta vicina. E la tempesta non tardò a venire.

LA SOPPRESSIONE (1810-1816)

Il 1810 è data infausta per tutti i Religiosi: è l'anno della dispersione degli Ordini e delle Congregazioni Religiose voluta da Napoleone. Anche i Barnabiti soggiacquero alla tempesta: parte si addensarono nelle parrocchie come preti secolari, parte ritornarono nelle rispettive famiglie, parte furono costretti ad indossare l'abito borghese. Il P. Rettore Bersani con la sua abilità ottenne dal governo di riprendere l'attività scolastica nel Collegio e per di più riuscì ad ottenere la facoltà di nominare i Professori insegnanti che poi per pura formalità erano approvati dal Prefetto del Dipartimento. Così, cambiata l'apparenza, il Collegio veniva ad essere sostanzialmente quello di prima, sia per le facoltà insegnate, sia per i Professori, sia per i metodi e la serietà. Questo stato di cose durò fino al 1816. L'8 settembre di quell'anno tornò a splendere il sole sul nostro Collegio: giungeva il permesso di riprendere l'abito e di ricostruirsi in Congregazione. A sera di quella giornata memorabile un solenne Te Deum fu cantato nella chiesa di S. Lucia per ringraziare il Signore della passata tempesta e per offrire i proposti di una fervosa ripresa.

LA RINASCITA (1816-1866)

Infatti, tornato il sereno, nel novembre stesso, con l'inizio del nuovo anno scolastico, inizia la rinascita. Si riprendono in pieno i programmi, si rivedono gli scopi e i metodi, si riesumano le tradizioni, e via verso le mete del sapere e della virtù. Questo è un periodo di relativo lavoro pacifico senza scosse e senza fatti salienti: periodo proprio secondo il costume barnabitico, fatto di lavoro costante nel silenzio. Anche i moti insurrezionali che agitarono quasi tutto l'800, non turbarono gran che il Collegio S. Luigi, che nella sua serietà e nel silenzio sembrava volesse contribuire alla formazione di una Nazione grande e libera con altri mezzi ben più saggi e più opportuni che quelli del sangue e della violenza. Soltanto i moti del '48 gettarono un po' di agitazione nel Collegio, che venne diradato dall'apprensione di molte mamme che ritirarono i loro figli in luoghi meno pericolosi. E sono anche di questi anni varie innovazioni nella disciplina e nel metodo educativo, ritenute necessarie per quei giovani, i quali sentivano nelle vene il sangue nuovo, il sangue della rivoluzione francese, che aveva sbandierato ovunque il concetto di libertà. Così fu introdotta la ginnastica, e in seguito la scuola di ballo e un nuovo sistema per la scuola di belle arti. Ma l'avvento più saliente di questo periodo è senza dubbio la visita fatta da Pio IX al Collegio nel 1857. Il 9 giugno di quell'anno fu giorno indimenticabile di gioia, di canti, di fiori, di sinfonia e di lussuosi addobbi in tutto il Collegio. L'avvenimento narrato con minuti particolari negli Atti del Collegio ebbe risonanza in città e fuori. Altro fatto saliente nel 1860 fu quando con l'avvento dell'Italia a Bologna le scuole di S. Lucia furono erette a Ginnasio Municipale.

LA SECONDA SOPPRESSIONE (1866-1872)

Nel 1866 una seconda soppressione. I locali furono occupati. Il Ginnasio Municipale Barnabita fu trasformato in un R. Liceo Ginnasio, la splendida Chiesa di S. Lucia in una caserma prima e poi in una palestra, la bella e grande Biblioteca Pubblica fu requisita, il Collegio S. Luigi divenne un magazzino. I Padri con i loro Alunni furono lasciati liberi di andare a mendicare alloggi per Bologna. Ma la Provvidenza non li abbandonò. Ben presto trovarono dei locali, i quali, pur  non essendo adatti, servivano alla meglio all'insegnamento: uno in via Galliera ed un altro in via Foscherari. Il Liceo e le Elementari passarono in via Foscherari. Cinque anni passarono così in mezzo a mille disagi sempre in attesa di luoghi migliori e di definitiva sistemazione. Gli Alunni diminuivano di giorno in giorno, ma i Padri sempre al loro posto, pregavano e lavoravano con zelo, attendendo l'ora della Provvidenza. E l'ora della Provvidenza venne.